shellwork's blog

1 Attention 1.1 attention核心思想 形象化的理解即正如其名，即一次观察只重点关注一个完整信息中的局部特征而相对忽略其他部分。模拟了人脑处理信息过载的方法。 本质上是寻址和求加权平均。相比于卷积来说，这两种方法都是求加权平均，但是attention能够做到根据不同输入动态计算注意力权重，即softmax(QKT)softmax(QK^T)softmax(QKT)的输出结果（注意区分模型权重矩阵W），而卷积则是对所有的输入都采取相同的权重。 一般的attention现在是常在encoder-decoder框架下使用，但是也可以脱离该框架单独使用。下图为引入编码解码器框架实现机器翻译的流程图： 下面是单一attention模块的结构图 Query 可以把它理解为“我要用什么信息去检索”。 例如，在自然语言处理的任务中，每一个位置（单词或子词）的隐藏向量都会映射成一个查询向量，代表“我想从其他位置处获得什么信息”。 Key 可以把它理解为“用来匹配查询的标识”。 同样地，每一个位置都会映射成一个键向量，用来让别的位置的“查询”对其进行匹配或“注意” ...

Chip-seq实验 概念 Chip-seq(Chromatin Immunoprecipitation,CHIP)研究体内蛋白质和DNA相互作用的工具，用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究 OCRs:染色质可及区域，大多数dna多次缠绕形成染色体，但一些dna仅和组蛋白形成核小体，部分dna不与组蛋白结合形成开放区域。DNA复制和转录通常发生在开放区域，并且TF与开放区域结合可以达到调控下游基因。 顺式作用元件：在同一条核苷酸链上起调控基因作用的核酸序列，顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。类型：Promoter，enhancer，silencer，insulator 反式作用因子(TF)：指和顺式作用元件结合的可扩散性蛋白，包括基础因子，上游因子，诱导因子。 转录因子（Transcription factor，TF）是能够结合在某基因上游5’端特异序列上的蛋白质，它作为反式作用因子，与真核基因的顺式作用元件比如启动子、增强子等发生特异性相互作用，从而激活或者抑制基因的转录。 顺式作用元件件在 ...

Common sence on bioinformatics 差异分析 为什么需要做差异分析？ 差异分析就是分析两组数据在何种指标下有差异。在转录组的基因差异表达分析中，一般的筛选标准是基因表达差异倍数大于2、并且FDR≤0.05为显著差异的基因,当然这个标准也可以根据实际数据调整。 差异分析原理 差异分析的原理就是判断组间（处理）差异是否显著大于组内（误差）差异。 由于二代数据得到的基因表达丰度是reads count，属于离散型分布，所以主流的方法是用负二项分布（属于离散型分布）模型进行检验。主流差异分析软件edgeR、Deseq都采用负二项分布。二代数据工具不能使用t检验、方差分析等这些基于正态分布模型的检验方法。 分析步骤 数据准备，提供符合格式的数据表格 参数设置（检验值、检验阈值、差异倍数、离散系数） 解读结果 差异比较结果柱状图 差异基因火山图 差异分析数据要求 表达矩阵和分组信息（count矩阵） 富集分析 为什么需要做富集分析？ 在我们进行差异表达分析的时候，我们会得到很多的差异表达基因。这些基因如果只是按照基因名放到哪 ...

免疫学概述 现代免疫学定义 现代免疫学是一门研究机体识别和清除非己物质的科学。 注意： 引起机体免疫应答的的物质不一定与病原体有关 免疫不一定对身体有益，还可能有病理损伤 引起免疫反应的通常是与机体结构成分不同的异物 免疫系统 免疫系统包括：免疫器官、免疫细胞和免疫分子 1）免疫器官 免疫器官分为中枢免疫器官和外周免疫器官 a）中枢免疫器官：淋巴细胞等免疫细胞分化成熟的场所 胸腺：T细胞发育和分化的场所；从皮质到髓质T细胞逐渐成熟；胸腺随年龄逐渐退化。 骨髓：是造血干细胞向血细胞分化的器官；是众多血细胞产生的场所；B细胞在骨髓发育成熟；同时也是免疫应答的场所（记忆细胞和长寿浆细胞在骨髓激活全身体液免疫） b）外周免疫器官：淋巴细胞定居和发生免疫应答的场所 脾脏：血液滤器，免疫应答场所 T、B细胞的主要定居地，初次免疫应答产生抗体的主要场所 基本结构：由充满血液的红髓和富含淋巴细胞的白髓构成。 白髓：动脉周围有大量淋巴细胞聚集，由浅皮质区到深皮质区分别聚集了B细胞和T细胞；大群初始B细胞聚集形成初级淋巴滤泡，经过抗原刺激之后形成次级淋巴滤泡。 淋巴结：为高度分化的 ...

蛋白质质谱流程 Reference https://zhuanlan.zhihu.com/p/549773172 https://zhuanlan.zhihu.com/p/434306528 概念 研究目的：解析基因组全部的蛋白质组，并通过蛋白定量和定性上变化反映细胞、器官和有机体的生理变化 研究手段：蛋白质的鉴定可以通过特定肽段序列来鉴别（前提）质谱（MS）其扫描速度、灵敏度和分析复杂混合物的能力是一种非常适合分析蛋白质的技术 基本原理和步骤 蛋白质酶解：一般使用内切酶将样品蛋白质切割为小短肽 液相色谱（HPLC）分离：将切割后的短肽按照质量顺序分离 质谱分析 电离源：使得肽段带有正电荷或负电荷 基质辅助激光电离源（MALDI） 样品首先与大量过量的基质化合物（CHCA、DBA等）形成共结晶，之后通过激光照射形成基质电子。 电喷雾电离源（ESI） 液滴形成：样品溶液（A）通过雾化器进入喷雾室，同时雾化气体（如N2）通过围绕喷雾针的同轴套管进入喷雾室。由于雾化气体强的剪切力及喷雾室上筛网电极与端板上的强电压（2-4Kv），将样品溶液拉出，并将其碎裂成小液滴 去 ...

药理学绪论 药理学概念 什么是药物？ 药物概念：用于防治、诊断疾病和计划生育的化学物质 药物和毒物只有剂量上的差异 思维方式：从基本作用点推理系统变化 药物命名：国际通用名、商品名、化学名 命名规律: 如他汀类药物：降低胆固醇药——羟甲基二酰辅酶A（HMG-CoA）还原酶(胆固醇合成通路中的限速酶)抑制剂 药物分类：1.按化学分类 2.按作用机理分类 3.按治疗疾病分类 什么是药理学 概念：药理学是研究药物与机体之间相互作用规律的一门科学。药效学（Pharmacodynamics）是研究药物对机体的作用或在药物影响下机体细胞功能如何发生变化；药物代谢动力学（pharmacokinetics）简称药代动力学或药动学，主要是定量研究药物在生物体内的过程（吸收、分布、代谢和排泄），并运用数学原理和方法阐述药物在机体内的动态规律的一门学科。adme/t What the drug does to the body: pharmacodynamics 药效学 What the body does to the drug: pharmacokinetics 药动学 药理 ...

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